Der Klang der Orgel ändert sich durch das einzelne oder gemeinsame Ziehen verschiedener Register. Das einfachste Prinzip für schnelle Veränderungen ist da der Wechsel von einem Manual zum anderen.Wo im Orchester mal die Geigen, mal die Bläser spielen, erklingen an der Orgel mal Flöten-, mal Zungenstimmen. Gerade bei einer großen Orgel gibt es zusätzlich sogenannte Spielhilfen.
Über den Registerwippen finden sich an der Münsterschwarzacher Klais-Orgel drei Reihen mit kleineren Kippschaltern, die die gleiche Funktion haben wie die großen Wippen. Durch Knopfdruck unter dem ersten Manual kann der Organist neben dem Handregister (HR) insofern drei "Freie Kombinationen" (FK) anwählen. Gerade für romantische Musik oder bei uns im schnellen Wechsel zwischen festlicher Einzugsmusik und der ruhigen Psalmbegleitung ist das eine wichtige Ergänzung.
Zusätzlich kann der Organist schon beim Üben bestimmte Registrierungen einspeichern. Das geschieht mit der sogenannten Setzer-Anlage, die über eine Knopf SK (für Setzer-Kombination) ausgelöst wird. Hier sind in einer versteckten Schublade nochmals alle Register abgebildet. Die Orgel kann sogar Kombinationen auf USB-Stick speichern! Spielen muss allerdings immer der Organist selbst; es gibt kein Aufnahme-System.
