Das erste Kloster hier in Münsterschwarzach war ein Frauenkloster, das 819 erstmals urkundlich erwähnt wird. Jedoch finden sich viele Hinweise darauf, dass es bereits weit vorher bestand, etwa um 742. Gegründet wurde es vermutlich von Fastrada, der 3. Frau Karls des Großen in der 2. Hälfte des 8. Jahrhunderts. Schon damals wurde es St. Salvator, der Heiligen Maria und St. Felizitas geweiht. Ausgrabungen aus dem 20. Jahrhundert bestätigten die Lage auf dem heutigen Gelände der Abtei Münsterschwarzach
Es galt als Eigenkloster des karolingischen Herrscherhauses, die erste Kirche wurde zwischen 750 und 783 errichtet. In der Zeit als Frauenkloster hatte Münsterschwarzach drei Äbtissinnen, die aus der kaiserlichen Familie stammten. Theodora (814-853), Tochter Karls des Großen und seiner Frau Fastrada, die das Kloster 844 dem Bistum Würzburg schenkte, Hildegard (853-856), Tochter Ludwigs des Deutschen, und Bertha (856-877), Tochter Ludwigs des Deutschen.
Aus dieser Anfangszeit stammt wohl auch der Schlüssel, der 1939 gefunden wurde.
Einige Jahrzehnte später, im Jahr 816, wird von Graf Megingaud eine Mönchsniederlassung im heutigen Landkreis Neustadt an der Aisch gegründet. Das Kloster Megingaudshausen wurde dem Reichsabt Benedikt von Aniane unterstellt. Etwa 20 Mönche sollen zu dieser Zeit dort gelebt haben.
Was diese mit dem Frauenkloster zu tun hatten? Zunächst einmal nichts. Doch bei Auflösung der Gemeinschaft und Aufgabe der Klosters Suarizaha im Jahr 877 siedelte die Benediktinergemeinschaft von Megingaudshausen in das „Kloster an der Schwarzach“ um. Nach anfänglicher Blüte erlebte das Kloster Münsterschwarzach den Niedergang des 10. Jahrhunderts, der erst mit dem Reformabt Egbert enden sollte.
Bis heute erinnert übrigens das Wappen der Abtei mit zwei gekreuzten Stäben an diese Ursprünge und symbolisieren den Stab der Äbtissin von Münsterschwarzach und den Abtsstab von Megingaudshausen.